Métodos da física computacional e aplicações

O GROMACS é uma ferramenta muito importante para o campo da física molecular sendo extremamente efetiva para simulações de dinâmicas moleculares e modelagens moleculares. Este trabalho tem como objetivo demonstrar uma aplicação prática do GROMACS em uma molécula. Será usado a proteína branca do ovo por ela ser simples. Nela será feita a remoção das moléculas residuais de água, inserção de íons, minimização de energia, equilíbrio e a simulação da proteína no ambiente. Com os resultados é possível analisar se a estrutura é estável ou não e nos fornece vários gráficos e dados para futuras análises da molécula. O GROMACS é uma ferramenta muito valiosa para o estudo da dinâmica molecular e para a química computacional, sendo quase imprescindível o conhecimento e domínio do mesmo.